De acordo com os seus estatutos o CNAPEF é constituído por uma Assembleia Geral, um Conselho Fiscal e uma Direcção, todos eles eleitos por mandatos de dois anos.
MESA DA ASSEMBLEIA
Presidente: Rui Petrucci (Apef Almada/Seixal)
Vice-Presidente: João Ramalho (Apef Castelo Branco)
Vice-Presidente: A. Pedro Duarte (Apef Setúbal)
Secretário: Romão Antunes (Apef Moita-Barreiro)
CONSELHO FISCAL
Vice-Presidente: Carlos Esculcas (Appefis)
Vice-Presidente: Abel Figueiredo (Apef Viseu)
Secretária: Tania Costa (Apef Braga)
DIRECÇÃO
Presidente: João Lourenço
Vice-Presidente: Zélia Nunes
Vice-Presidente: Jorge Mira
Vogal: Nuno Fialho
Vogal: João Marques
Tesoureiro: Mário Guimarães
Secretária: Joana Maurício